建设“绿色北京”是市委市政府落实科学发展观建设“三个北京”的重要组成部分。市水务部门以水源保护为中心，构筑“生态修复、生态治理、生态保护”三道防线，实施“污水、垃圾、厕所、环境、河道”五项同步治理。在本市水源地密云水库、怀柔水库上游的乡镇中，已全部建立了污水处理厂，74个村建成了小型污水处理站，每年可减少200万吨污水排放。

　　在密云县污水处理厂，正在运行的是再生水回水工程。这个再生水厂采用了世界先进膜生物反应器，是一种将膜分离技术与传统污水生物处理工艺有机结合的新型高效污水处理与回用工艺。此外，水库上游村庄兴建一批村级污水处理站和配套收集管网，对生活污水进行收集处理。截至去年底，密云水库上游64个村建设了110处村级污水处理站。

　　为加强首都水源保护，本市构筑起“生态修复、生态治理、生态保护”三道防线：在山区人烟稀少地区封山禁牧，实现自然保水；在人口相对密集的浅山丘陵，集中治理农村污水、垃圾问题，做到达标排放；在河道、水库和湖泊周边，发挥灌木和水生植物的水质净化功能，改善水质、美化环境。在这三道防线中，山区乡镇中心区人口相对集中，污水排放量大，是污水治理的重点区域。各种因地制宜，建设起来的小型污水处理设施大显身手。

　　在怀柔水库上游的怀沙河边，甘涧峪村的小型污水处理站“藏”在此村边一个1米见方的井里，伴随着处理机轻微的马达声，污水旋即变成清澈透明的净水。这个小山村里有数座这样的小型污水处理站，排放到河里的，全是达到国家一类A级排放标准的清水。 截至去年底，全市共建成清洁型小流域76条，密云水库、怀柔水库上游乡镇均已建设了污水处理设施。据监测，村镇污水处理设施每年可处理污水约200万吨，减排化学需氧量300吨。

　　此外，密云水库沿岸还建设植物带拦截、过滤污染物，保护水库水质。目前，密云水库、怀柔水库水质均保持地表水二类标准。