2008年10月20日，王鸿举市长主持召开重庆市政府第20次常务会，以第一议题审议通过实施《重庆市“碧水行动”实施方案（2008—2012年）》，要求进一步修改完善后由市政府印发实施。

    2005年实施“碧水行动”以来，直接影响我市水环境质量的主要污染物总体呈现下降。2007年，长江、嘉陵江、乌江的监测断面100%满足Ⅲ类水质标准，85.7%满足Ⅱ类水质标准（比2004年增加15.3个百分点）。主要次级河流水质满足水域功能要求的断面比例达70.8%（比2004年增加17.9个百分点）。全市城镇集中式饮用水源地水质达标率为98.2%（比2004年增加4.8个百分点）。城镇污水和垃圾处理率显著提高。但我市水环境形势仍然严峻，三峡工程175米运行后重庆水质安全还面临压力、城乡居民饮用水源安全还存在隐患、部分次级河流富营养化严重甚至出现“水华”污染问题、部分工业和生活污水处理设施未得到稳定有效运行。

    修订《方案》基于两方面原因：一是中央对我市的要求。中央关于重庆发展“314”总体部署、建设全国统筹城乡综合配套改革试验区和国务院批复的《重庆市城乡总体规划》均要求建设资源节约型、环境友好型社会并改善城乡人居环境。国家新修订实施的《水污染防治法》和《三峡库区及其上游水污染防治规划》对保护水环境提出严格要求，国家《节能减排综合性工作方案》明确了水污染物减排的约束性指标，对全国重点流域水污染防治提出更具体措施。二是环保工作的需要。原方案分年度的目标任务只安排到2007年，没有细化2008—2010年的任务，为工作的连续性，亟需制定到2012年碧水行动的目标和措施，在对原方案开展绩效评估的基础上修订方案、突出重点、调整目标、增添措施已成为下一步实施“碧水行动”的迫切需要。

    修订《方案》的主要内容：（一）实施范围和时段。实施范围分为全市、主城区、三峡库区、其他区县（自治县）、建制镇及乡村等五类，并与年度目标相对应。实施时段调整为2008—2012年。

   （二）主要控制目标。在入境水质满足Ⅱ类时，长江、嘉陵江、乌江干流水质总体满足Ⅱ类水质。次级河流水域功能区达标率2010年达75%，2012年达80%且主城区消除劣五类水体。主城区和区县城区集中式饮用水源水质达标率2010年均达100%；建制镇和乡村2010年分别为75%、70%，2012年分别为85%、75%。全市城镇生活污水集中处理率2010年为80%，2012年为85%；城镇生活垃圾无害化处理率2010年为85%，2012年为90%。2010年全部取缔畜禽禁养区内的养殖户。五年内解决1000万人饮水安全。

    （三）主要内容。包括饮用水源保障工程、城镇生活污染整治工程、工业污染防治工程、农村面源污染防治工程、船舶污染防治工程、次级河流污染综合整治工程等六大工程，增加了实施《三峡库区及上游水污染防治规划（修订本）》、《重庆市“十一五”主要污染物减排实施方案》、三峡工程175米运行饮用水源安全、主城规模化供水和“两江互济”、加强跨界次级河流水质考核与补偿等23项内容，保留了主城排水三级管网建设、强化工业污染防治、加强次级河流水环境综合污染整治等18项内容，删除了9项已完成内容。初步测算，2008—2012年实施“碧水行动”总投资约163.8亿元。实施“碧水行动”将按照“谁污染谁治理”的原则，资金投入以企业和业主为主，充分运用市场机制和激励政策，在积极争取国家投入的基础上，确保资金需求。市、区财政适当给以资金补助或以奖代补，重点安排水污染特别严重的、影响面广的示范性、控制性工程。