在闽江等“五江两溪”重点流域整治中，福建省着力抓好工业、生活、养殖业污染治理和生态保护等四个重点，并以此引导、示范、带动各地全面加强水环境保护。一是工业污染防治。结合实施污染减排，关停淘汰落后产能，工业污水深度治理工程建成投运，430个企业开展清洁生产审核，马尾、三钢、青口、德化等生态工业园推进循环经济试点，在全省工业总产值持续增加的情况下，有效控制了工业排污总量。二是城镇生活污染治理。目前全省已建成污水处理厂38 座，城市污水处理率由2000年的22.2%提高到2007年的62%；已建成垃圾无害化处理场23 座，垃圾处理率从65%提高到91%。 三是养殖业等农村面源污染治理。完成全省养殖场禁养区、禁建区的划定，各地制定实施养殖业发展和污染治理规划，全省有76.2%的规模化养殖场开展了污染治理 。四是生态环境保护与建设。推广生态农业模式，全省已建13个国家级和44个省级生态示范区、65个省级有机食品试点基地。全省森林覆盖率持续保持全国首位，已建国家级保护区11个、省级28个。