资源环境问题的解决，是一个庞大而复杂的系统工程，尤其是水资源污染问题，直接关系到百姓切身利益。如何做好水污染防止专项资金审计，应做好“四个摸清”和“一个监督。一是摸清被审计地区各级财政对水污染防治资金管理、水污染防止项目规划情况；二是摸清水污染防治项目招投标、施工建设、可行性情况；三是摸清各级政府对水污染防治项目安排和资金配套的规模、增减变动情况；四是摸清各级财政具体投入水污染防治资金的分配、拨付情况；五是监督部门做好监督，加大力度查处主管部门与项目单位在水污染防治资金管理使用中的重大违纪违法问题以及不作为、慢作为和乱作为问题，关注有无虚列支出、挤占挪用等问题，有无弄虚作假重复申报项目套取骗取资金，中饱私囊，谋取私利，失职渎职等问题。